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Takahiro Sumiya
March 01, 2019
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Takahiro Sumiya
March 01, 2019
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Transcript
F3S講習会 統計データ処理ツールを使ってみよう (R入門) 広島大学情報メディア教育研究センター 隅谷孝洋
‣ R is a language and environment for statistic computing
and graphics [Rとは、統計計算と統計グラフのための 言語であり、(実行)環境である。] https://www.r-project.org/about.html
Γ͍ͨ͜ͱ ॲཧखॱ ʢΞϧΰϦζϜʣ 1: int main(int argc,char 2: int i=0;
3: char c; 4: while(i==0){ 5: c=getchar(); ϓϩάϥϜ ࣮ߦʂ (プログラミング)言語 (実行)環境
本日のメニュー 1. Rの準備 2. コマンドの投入と結果の表示 3. Excelのデータの読み込み 4. データの要約 5.
データの視覚的な確認 6. いくつかの統計分析手法を使ってみる
1. Rの準備
Rの準備 ‣ R ✓ R実行環境 ✓ これだけでも利用可 ‣ RStudio ✓
Rの(もっと便利な)実行環境 ✓ 普段はこちらを利用 ʴ
Rのインストール https://www.r-project.org/about.html (日本のミラーサイトを選択) $3"/ͷαΠτ Download R for (Mac)
OS X → R-3.5.1.pkg (最新版) Download R for Windows → Install R for the rst time → Download R 3.5.1 for Windows
RStudio のインストール https://www.rstudio.com (下の方までスクロールして...) RStudio 1.1.463 - Windows
Vista/7/8/10 RStudio 1.1.463 - Mac OS X 10.6+ (64-bit)
RStudioを起動してみる νΣοΫʂ
2. コマンドの投入と結果の表示
まずは、ここに 入れてみましょう
電卓として使う ‣ 式を打ち込んでみよう > 1+1 > 100/3 > 100/3*3 ‣
かっこも使える > (3+5)*7 > 3+5*7 # 結果が違う
Rのコマンドをファイルとして残しておこう ‣ 「プロジェクト」を作ると、一連のファイル をひとまとめにしやすい ✓ 命令(コマンド)を記したファイル ✓ データファイル ✓ 結果のグラフ
‣ File → New Project → New Directory → New Project
Rのコマンドをファイルとして残しておこう ‣ File→New File→R Script ίϚϯυΛ ॻ͍ͯɺ DUMFOUFS
݁Ռ ͪ͜Βʹग़Δ
高級な電卓として使う ‣ ベキ乗 ^ とか > 2^16 ‣ 関数とかも使える >
sin(pi/2) # > exp(1) # > factorial(10) # > choose(5,2) # sin ⇡ 2 10! 5C2 e1
グラフを描いてみよう > plot(c(5,5,4,3,3,4,1,1,1)) > x=c(5,4,3,3,1,4,1,1,1) # 変数に代入 > plot(x) #
スッキリ > plot(x,type="b") # これ、何のデータ? > plot(x,type="b",ylim=c(6,1)) > yr=2010:2018 > plot(yr,x,type="b",ylim=c(6,1))
Rでは、変数(オブジェクト)の中身の基本はベクトル > x # 変数名のみ入れると内容の表示 > x+10 # 数学のベクトルとは違う >
x+c(10,100) # 長さが違うものを足すと? > x[1] # 最初の数値を取り出す > x[c(1,3,5)] # 1,3,5番目を取り出す
一度終了して、再び開いてみよう ‣ コマンドファイルに名前をつけて保存 ‣ RStudio の終了 ‣ フォルダ内のファイルの確認 ‣ プロジェクトファイルをダブルクリックし
て再起動
3. Excelデータの読み込み
Excelのデータは、CSVにして読み込み ‣ Bb9から"carp.xlsx"をダウンロード ‣ Excelで開いて内容を確認 ‣ CSV (UTF-8) で保存 →
carp.csv ‣ Windowsの人は「CSV」で保存
CSVファイルを読み込むと「データフレーム」ができる > read.csv("carp.csv") # 画面に出ちゃう > c=read.csv("carp.csv") # 変数cに保存 >
c # 読めたか確認 ‣ 「データフレーム」は、名前がついたベクト ルの集まり > c$身長 # 「身長」という名前の列 > c$身長[3] # その三番目の値 > mean(c$身長) # 身長の平均
データフレーム(続き) > c$BMI=c$体重/(c$身長/100)^2 # BMI を計算 > c[c$BMI>30,] # BMI
が30より大きい選手 BMI = Weight(kg) Height(m) 2
おまけ1:こんなのもあります Excelのファイルを直接読み込む ‣ install.packages("readxl") ‣ library(readxl) ‣ carp=read_excel("carp.xlsx",1) ‣ dragons=read_excel("carp.xlsx",2)
4. データの要約
summary という関数が便利 ✓ summary(c) ‣ 数値データ ✓ Min(最小値),1st Qu.(第1四分位 点),
Median(中央値), Mean(平 均), 3rd Qu. (第3四分位点), Max(最大値) ‣ カテゴリーデータ ✓ 頻度
グループの要約 > # BMIが26より大きい選手のsummary > summary(c[c$BMI>26,]) > # ポジションごとの身長のsummary >
tapply(c$身長,c$ポジション,summary)
5. データの視覚的な確認
度数分布図、散布図、箱ヒゲ図 > hist(c$身長) ‣ Macの人...化けていますね orz > # ヒラギノ角ゴシックをW3使うように指定 >
par(family = "HiraKakuProN-W3") > hist(c$身長)
気を取り直して、度数分布図、散布図、箱ヒゲ図 > hist(c$身長) # 度数分布図 > barplot(table(c$ポジション)) > plot(c$身長,c$体重) #
散布図 > plot(c) # 散布図行列 > plot(c[,c(4,5,6,9)]) > boxplot(c$身長) # 箱ひげ図 > boxplot(c$身長[c$ポジション=="投手"], c$身長[c$ポジション!="投手"], names=c("投手","それ以外"),ylab="身長")
おまけ2:こんなのもあります 心理学研究用パッケージ > install.packages("psych") > library(psych) > pairs.panels(c[,c(4,5,6,9)])
ググって描いてみよう (1)
ググって描いてみよう (2)
6. いくつかの統計分析手法を使ってみる
線形回帰 > plot(c$体重 ~ c$身長) > result=lm(c$体重 ~ c$身長) >
abline(result) > summary(result)
左利きが多いのか? 世間一般の左利き率が0.1として、二項検定をおこなってみる > summary(c$投) > binom.test(13,13+56,0.1) > cp=c[c$ポジション=="投手",] > summary(cp$投)
> binom.test(11,11+23,0.1)
Rのメリット ‣ 統計計算に特化 ‣ グラフがキレイ ‣ コマンド(=テキスト情報)でやったこと が残るので、再現が簡単 ‣ 新しい手法がどんどん実装される
‣ 無料!オープンソース