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CDSB2020

 CDSB2020

Inauguración del taller de la CDSB 2020

Leonardo Collado-Torres

August 03, 2020
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Transcript

  1. Taller CDSB 2020: Construyendo flujos
    de trabajo con RStudio y Bioconductor
    para datos transcriptómicos de célula
    única (scRNA-seq)
    #CDSB2020
    @CDSBMexico
    @fellgernon
    @RBioinformatica
    Diapositivas: https://speakerdeck.com/lcolladotor

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  2. https://comunidadbioinfo.github.io/post/cdsb2020-building-workflows-with-rstudio-and-scrnaseq-with-bioconductor/#.Xxxjhp5KguU
    Material de un taller de
    rstudio::conf(2020)
    +
    Material del libro de OSCA
    Patrocinadores:

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  3. @CDSBMexico

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  4. https://comunidadbioinfo.github.io/es/codigo-de-conducta/
    ● Queremos que todxs disfruten del taller
    ● Ayúdanos a que esto se cumpla,
    ¡gracias!

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  5. https://comunidadbioinfo.github.io/es/post/bioc2019-code-of-conduct-violation-response/
    ● Si alguien se pierde de
    oportunidades por sentirse
    excluidx nos afecta a todxs
    como comunidad
    ● Los castigos son severos

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  6. • 2017: idea en BioC2017
    • 2018: primer taller ^_^
    ○ Instructores de Bioconductor: Martin Morgan & Benilton
    Carvalho
    • 2019:
    ○ BioC2019: apoyo a solicitud de becas
    ○ Taller con materiales adaptados de RStudio
    • 2020:
    ○ regutools: primer paquete en Bioconductor
    ○ Taller con RStudio & Bioconductor
    https://comunidadbioinfo.github.io/

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  7. ¿Quién conoce ?
    Sandrine Dudoit:
    ¡Es una de las fundadoras de @Bioconductor!
    @cendrinou
    https://www.stat.berkeley.edu/users/sandrine/
    @lcgunam
    Otoño 2007
    Diapositivas: https://speakerdeck.com/lcolladotor
    @CDSBMexico

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  8. Ciclo educativo
    ● Alguien enseña en una comunidad local
    ● Participantes locales toman la iniciativa de aprender más
    ● (idealmente) participantes locales le enseñan a más
    personas de la comunidad
    Diapositivas: https://speakerdeck.com/lcolladotor
    @CDSBMexico

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  9. http://www.wholebiome.com/team.html#james-bullard
    James Bullard
    Enero 2008
    1 semana de curso
    intensivo
    Diapositivas: https://speakerdeck.com/lcolladotor
    @CDSBMexico

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  10. @AlexielMedyna
    http://liigh.unam.mx/profile/dra-alejandra-medina-rivera/
    Leonardo Collado Torres
    +
    Alejandra Medina Rivera
    BioC2008
    Día para desarrolladores +
    2 días de congreso
    Con apoyo de @lcgunam
    Diapositivas: https://speakerdeck.com/lcolladotor
    @CDSBMexico

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  11. @fellgernon & Osam
    http://lcolladotor.github.io/courses/Courses/R/
    Otoño 2008

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  12. Ciclo educativo: problemas
    ● Depende de lxs voluntarixs
    ● Una vez que lxs voluntarixs se van, es difícil de continuar
    ● Es difícil conseguir fondos
    ● Barreras de lenguaje
    ● Resilencia: no todo sale bien a la primera

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  13. Datos de los últimos 667 paquetes contribuidos a
    Bioconductor a través de GitHub (Hecho en 2018)
    Alejandro Reyes
    @areyesq
    http://alejandroreyes.org/
    BioC2017

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  14. http://congresos.nnb.unam.mx/

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  15. Interesadxs → Usarixs → Desarrolladores
    ¿Cómo podemos facilitar esta transición en LA/México?

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  16. No estamos solos: red de apoyo
    ● Consejos, ideas,
    ● Material educativo,
    ● actividades para construir
    comunidades,
    ● Instructores voluntarixs,
    ● fondos,
    ● visibilidad

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  18. No estamos solos: red de apoyo local
    Experiencia organizando talleres, infraestructura para pagos, cuentas bancarias &
    estructura legal, salones para bioinformática, letras oficiales, reservaciones & logística,
    asistentes, acceso directo para identificar necesidades locales, ...
    @nnb_unam
    @RBioinformatica
    @ccg_unam
    @lcgunam

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  20. Comunidad de Desarrolladores de
    Software en Bioinformática
    ● Comunidad como un departamento de una universidad (virtual).
    ● Discusión de nuevas ideas.
    ● Intercambio de conocimientos y formación de colaboraciones.
    ● Eliminar barreras para principiantes (asesorías)
    ● Mayor acceso para material avanzado para entrenar más talento Latinoamericano.
    https://comunidadbioinfo.github.io/
    Community of Bioinformatics Software Developers

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  21. Taller de Desarrolladores Latino
    Americanos de R/BioConductor 2018
    ● Lanzamiento de la comunidad.
    ● Enseñar los principios de ciencia de datos reproducible a través del
    desarrollo de paquetes de R/Bioconductor.
    ● Convertir usuarixs de bioinformática en desarrolladores de software.
    ● Continuar con talleres similares en el futuro

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  22. Martin Morgan
    Bioconductor
    Benilton Carvalho
    Uni Campinas
    Selene Fernandez
    LANGEBIO
    Alicia Mastretta Yanes
    CONABIO
    María Teresa Ortíz
    CONABIO
    Ale Medina
    LIIGH
    Alejandro Ponce
    CONABIO
    Leo Collado
    LIBD/Johns Hopkins
    Heladia Salgado
    CCG
    Laura Gomez
    CCG
    Daniela Ledezma
    CCG
    Alejandro Reyes
    DFCI/Harvard
    YOU YOU YOU

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  24. @doctor_calvo
    @josschavezf1

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  25. @AnaBetty2304
    Co-fundadora
    @RLadies_Qro

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  26. Formación de redes
    ● Aprender de otros
    ● Conocer posibles
    instructores
    ● Pedir apoyo
    ● Asegurarse que personas
    nuevas sean incluidas
    ● ...

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  27. Junta Directiva CDSB hasta 2019

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  28. ¿Es sostenible o nos desgastaremos?
    > Estoy orgulloso y emocionado de lo que hemos logrado con nuestros talleres de la CDSB
    de una semana, pero también de cómo hemos usado las herramientas que aprendimos de
    otras comunidades y que nos permiten seguir interactuando y comunicando durante todo el
    año. El tiempo nos dirá si nuestros esfuerzos crearon una onda que creció hasta
    convertirse en ola o si terminaremos desgastados. La sostenibilidad es un desafío, pero
    estamos muy motivados por el impacto que hemos tenido y solo podemos imaginar un
    futuro más brillante.
    En español: https://comunidadbioinfo.github.io/es/post/csdb-story-of-a-diversity-and-outreach-hotspot-in-mexico/#.XyeViyhKguU
    bit.ly/cdsb2020post → https://www.r-consortium.org/blog/2020/03/18/cdsb-diversity-and-outreach-hotspot-in-mexico

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  29. Evitar repetir el pasado:
    ¡atraer nuevxs voluntarixs!
    Joselyn Chavez @josschavezf1
    ● CDSB 2018 & 2019 alumna
    ● Parte de la Junta Directiva desde 2019
    ● Fundó R-Ladies Cuernavaca en 2019
    ● Instrutora del taller CDSB2020

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  30. Canal de YouTube de la CDSB
    https://www.youtube.com/channel/UCHCdYfAXVzJIUkMoMSGiZMw

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  31. Qué hacemos
    ● Talleres
    ● Slack: como un departamento virtual
    ● Lxs empujamos a que manden solicitudes para diversas oportunidades
    ● Ayudamos a navegar el proceso de las solicitudes & romper barreras de lenguaje
    ● Entrenamos a otrxs: algunxs tal vez se unan a nuestro equipo
    ● Adaptamos ideas de otrxs
    ● Promocionamos el trabajo de participantes de la CDSB y nuestros aliados

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  33. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa575

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  34. ¡Ayúdenos a aumentar nuestra visibilidad! ^^ bit.ly/bioc2020cdsb →
    https://twitter.com/CDSBMexico/status/1288139636477435906?s=20

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  36. @CDSBMexico

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  37. @alabasti1 @AnaBetty2304 @Carlos_Aplysia @josschavezf1
    @M2RUseR @AleMedinaRivera @areyesq @fellgernon @TeresaOM
    @CDSBMexico: ¡tú eres el futuro! + el presente y la base

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