CDSB2020

Inauguración del taller de la CDSB 2020

Transcript

1. Taller CDSB 2020: Construyendo flujos
   de trabajo con RStudio y Bioconductor
   para datos transcriptómicos de célula
   única (scRNA-seq)
   #CDSB2020
   @CDSBMexico
   @fellgernon
   @RBioinformatica
   Diapositivas: https://speakerdeck.com/lcolladotor
   

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2. https://comunidadbioinfo.github.io/post/cdsb2020-building-workflows-with-rstudio-and-scrnaseq-with-bioconductor/#.Xxxjhp5KguU
   Material de un taller de
   rstudio::conf(2020)
   +
   Material del libro de OSCA
   Patrocinadores:
   

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3. @CDSBMexico
   

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4. https://comunidadbioinfo.github.io/es/codigo-de-conducta/
   ● Queremos que todxs disfruten del taller
   ● Ayúdanos a que esto se cumpla,
   ¡gracias!
   

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5. https://comunidadbioinfo.github.io/es/post/bioc2019-code-of-conduct-violation-response/
   ● Si alguien se pierde de
   oportunidades por sentirse
   excluidx nos afecta a todxs
   como comunidad
   ● Los castigos son severos
   

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6. • 2017: idea en BioC2017
   • 2018: primer taller ^_^
   ○ Instructores de Bioconductor: Martin Morgan & Benilton
   Carvalho
   • 2019:
   ○ BioC2019: apoyo a solicitud de becas
   ○ Taller con materiales adaptados de RStudio
   • 2020:
   ○ regutools: primer paquete en Bioconductor
   ○ Taller con RStudio & Bioconductor
   https://comunidadbioinfo.github.io/
   

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7. ¿Quién conoce ?
   Sandrine Dudoit:
   ¡Es una de las fundadoras de @Bioconductor!
   @cendrinou
   https://www.stat.berkeley.edu/users/sandrine/
   @lcgunam
   Otoño 2007
   Diapositivas: https://speakerdeck.com/lcolladotor
   @CDSBMexico
   

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8. Ciclo educativo
   ● Alguien enseña en una comunidad local
   ● Participantes locales toman la iniciativa de aprender más
   ● (idealmente) participantes locales le enseñan a más
   personas de la comunidad
   Diapositivas: https://speakerdeck.com/lcolladotor
   @CDSBMexico
   

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9. http://www.wholebiome.com/team.html#james-bullard
   James Bullard
   Enero 2008
   1 semana de curso
   intensivo
   Diapositivas: https://speakerdeck.com/lcolladotor
   @CDSBMexico
   

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10. @AlexielMedyna
    http://liigh.unam.mx/profile/dra-alejandra-medina-rivera/
    Leonardo Collado Torres
    +
    Alejandra Medina Rivera
    BioC2008
    Día para desarrolladores +
    2 días de congreso
    Con apoyo de @lcgunam
    Diapositivas: https://speakerdeck.com/lcolladotor
    @CDSBMexico
    

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11. @fellgernon & Osam
    http://lcolladotor.github.io/courses/Courses/R/
    Otoño 2008
    

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12. Ciclo educativo: problemas
    ● Depende de lxs voluntarixs
    ● Una vez que lxs voluntarixs se van, es difícil de continuar
    ● Es difícil conseguir fondos
    ● Barreras de lenguaje
    ● Resilencia: no todo sale bien a la primera
    

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13. Datos de los últimos 667 paquetes contribuidos a
    Bioconductor a través de GitHub (Hecho en 2018)
    Alejandro Reyes
    @areyesq
    http://alejandroreyes.org/
    BioC2017
    

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14. http://congresos.nnb.unam.mx/
    

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15. Interesadxs → Usarixs → Desarrolladores
    ¿Cómo podemos facilitar esta transición en LA/México?
    

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16. No estamos solos: red de apoyo
    ● Consejos, ideas,
    ● Material educativo,
    ● actividades para construir
    comunidades,
    ● Instructores voluntarixs,
    ● fondos,
    ● visibilidad
    

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18. No estamos solos: red de apoyo local
    Experiencia organizando talleres, infraestructura para pagos, cuentas bancarias &
    estructura legal, salones para bioinformática, letras oficiales, reservaciones & logística,
    asistentes, acceso directo para identificar necesidades locales, ...
    @nnb_unam
    @RBioinformatica
    @ccg_unam
    @lcgunam
    

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20. Comunidad de Desarrolladores de
    Software en Bioinformática
    ● Comunidad como un departamento de una universidad (virtual).
    ● Discusión de nuevas ideas.
    ● Intercambio de conocimientos y formación de colaboraciones.
    ● Eliminar barreras para principiantes (asesorías)
    ● Mayor acceso para material avanzado para entrenar más talento Latinoamericano.
    https://comunidadbioinfo.github.io/
    Community of Bioinformatics Software Developers
    

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21. Taller de Desarrolladores Latino
    Americanos de R/BioConductor 2018
    ● Lanzamiento de la comunidad.
    ● Enseñar los principios de ciencia de datos reproducible a través del
    desarrollo de paquetes de R/Bioconductor.
    ● Convertir usuarixs de bioinformática en desarrolladores de software.
    ● Continuar con talleres similares en el futuro
    

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22. Martin Morgan
    Bioconductor
    Benilton Carvalho
    Uni Campinas
    Selene Fernandez
    LANGEBIO
    Alicia Mastretta Yanes
    CONABIO
    María Teresa Ortíz
    CONABIO
    Ale Medina
    LIIGH
    Alejandro Ponce
    CONABIO
    Leo Collado
    LIBD/Johns Hopkins
    Heladia Salgado
    CCG
    Laura Gomez
    CCG
    Daniela Ledezma
    CCG
    Alejandro Reyes
    DFCI/Harvard
    YOU YOU YOU
    

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24. @doctor_calvo
    @josschavezf1
    

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25. @AnaBetty2304
    Co-fundadora
    @RLadies_Qro
    

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26. Formación de redes
    ● Aprender de otros
    ● Conocer posibles
    instructores
    ● Pedir apoyo
    ● Asegurarse que personas
    nuevas sean incluidas
    ● ...
    

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27. Junta Directiva CDSB hasta 2019
    

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28. ¿Es sostenible o nos desgastaremos?
    > Estoy orgulloso y emocionado de lo que hemos logrado con nuestros talleres de la CDSB
    de una semana, pero también de cómo hemos usado las herramientas que aprendimos de
    otras comunidades y que nos permiten seguir interactuando y comunicando durante todo el
    año. El tiempo nos dirá si nuestros esfuerzos crearon una onda que creció hasta
    convertirse en ola o si terminaremos desgastados. La sostenibilidad es un desafío, pero
    estamos muy motivados por el impacto que hemos tenido y solo podemos imaginar un
    futuro más brillante.
    En español: https://comunidadbioinfo.github.io/es/post/csdb-story-of-a-diversity-and-outreach-hotspot-in-mexico/#.XyeViyhKguU
    bit.ly/cdsb2020post → https://www.r-consortium.org/blog/2020/03/18/cdsb-diversity-and-outreach-hotspot-in-mexico
    

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29. Evitar repetir el pasado:
    ¡atraer nuevxs voluntarixs!
    Joselyn Chavez @josschavezf1
    ● CDSB 2018 & 2019 alumna
    ● Parte de la Junta Directiva desde 2019
    ● Fundó R-Ladies Cuernavaca en 2019
    ● Instrutora del taller CDSB2020
    

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30. Canal de YouTube de la CDSB
    https://www.youtube.com/channel/UCHCdYfAXVzJIUkMoMSGiZMw
    

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31. Qué hacemos
    ● Talleres
    ● Slack: como un departamento virtual
    ● Lxs empujamos a que manden solicitudes para diversas oportunidades
    ● Ayudamos a navegar el proceso de las solicitudes & romper barreras de lenguaje
    ● Entrenamos a otrxs: algunxs tal vez se unan a nuestro equipo
    ● Adaptamos ideas de otrxs
    ● Promocionamos el trabajo de participantes de la CDSB y nuestros aliados
    

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33. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa575
    

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34. ¡Ayúdenos a aumentar nuestra visibilidad! ^^ bit.ly/bioc2020cdsb →
    https://twitter.com/CDSBMexico/status/1288139636477435906?s=20
    

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36. @CDSBMexico
    

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37. @alabasti1 @AnaBetty2304 @Carlos_Aplysia @josschavezf1
    @M2RUseR @AleMedinaRivera @areyesq @fellgernon @TeresaOM
    @CDSBMexico: ¡tú eres el futuro! + el presente y la base
    

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