microarreglos: esquema teórico y práctico

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1. MICROARREGLOS 1. ESQUEMA TEÓRICO 2. ESQUEMA PRÁCTICO avallecam@gmail.com @avallecam
2. ESQUEMA TEÓRICO DE MICROARREGLOS
3. ESQUEMA TEÓRICO: MICROARRAYS DATA ANÁLISIS VISUALIZACIÓN DISEÑO Esquema de los 6 componentes de un experimento de microarreglos Diseño experimental: Diseño de arreglos: Muestras: Hibridación: Mediciones: Controles de normalización: Experimentos a ejecutar; Detalle de los elementos a incluir como probes; Fuente de la muestra y el criterio para su clasificación; Condiciones de laboratorio del experimento; Progreso de imágenes escaneadas a la matriz de datos; Lista de elementos conocidos o invariantes.
4. DATA ANÁLISIS VISUALIZACIÓN DISEÑO ESQUEMA TEÓRICO: MICROARRAYS ARRAY: - tradicional (DNA) - más actual (PROTEÍNAS) * la selección de los sustratos o “probes”, en base a infromación transcriptómica o proteómica, permitirá restringir el estadio o proceso biológico de interés.
5. DATA ANÁLISIS VISUALIZACIÓN DISEÑO ESQUEMA TEÓRICO: MICROARRAYS EXPERIMENT: - De contraste (caso vs control) - Contínuo (e.g., en el tiempo)
6. DATA ANÁLISIS VISUALIZACIÓN DISEÑO ESQUEMA TEÓRICO: MICROARRAYS NORMALIZATION: - El uso de controles (negativo, genes housekeeping, etc.) permite normalizar las lecturas entre muestras.
7. DISEÑO DATA ANÁLISIS VISUALIZACIÓN ESQUEMA TEÓRICO: MICROARRAYS * 3 niveles en el pre-procesamiento de la data generada en un experimento de microarreglos
8. DATA ANÁLISIS ESQUEMA TEÓRICO: MICROARRAYS DISEÑO VISUALIZACIÓN Contenedor de datos integrados * Estructura de datos requerida en muchos de los paquetes de Bioconductor.
9. DISEÑO DATA ANÁLISIS VISUALIZACIÓN ESQUEMA TEÓRICO: MICROARRAYS - Inferencia - Clasificación * Guías para el análisis de microarreglos * Según el enfoque operacional, errores aleatorios en la medición sesgan los resultados a la Ho. * Propuesta: repetir mediciones de genes sin diferencias significativas.
10. DISEÑO DATA ANÁLISIS VISUALIZACIÓN ESQUEMA TEÓRICO: MICROARRAYS limma permite: - moderar las varianzas por el bajo número de réplicas
11. DISEÑO DATA ANÁLISIS VISUALIZACIÓN ESQUEMA TEÓRICO: MICROARRAYS Heatmaps + clustering Volcano plots P value histograms
12. ESQUEMA PRÁCTICO DE MICROARREGLOS
13. ESQUEMA PRÁCTICO: MICROARRAYS DATA ANÁLISIS VISUALIZACIÓN DISEÑO CONTRASTE ó CONTÍNUO EXPERIMENTO LABORATORIO TRABAJO DE CAMPO DATA DE EXPRESIÓN DATA DE MUESTRAS phenoData() assayData() ExpressionSet() DATA no-limpia DATA LIMPIA m+ m- exprs x limma - Matriz de diseño - ExpressionSet() * Regresión lineal * eBayes T test ° Gráficos de expresión ° volcano plots ° heatmaps + clasificación MODELO A FORMATO LIMPIO [normalización] caso control
14. Referencias • https://www.nature.com/ng/journal/v29/n4/full/ng1201-365.html • http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S00476374060 02545 • http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S16720229130 00041 • https://www.futuremedicine.com/doi/abs/10.2217/fmb.09.127?j ournalCode=fmb • https://www.nature.com/nmeth/journal/v12/n2/full/nmeth.3252.ht ml • http://www.nature.com/nrg/journal/v7/n1/full/nrg1749.html • https://academic.oup.com/nar/article/40/W1/W553/1074242/Cyber -T-web-server-differential-analysis-of-high